From sequence reads to genomes and populations

Entre la bête vivante et le début de vos analyses génomiques, qu'elles soient méta-, phylo-, comparatives ou populationnelles, il y a la biologie moléculaire, les techniques de séquençage qui génèrent les "reads" et enfin la bioinformatique. Sans ces derniers, point de génomes assemblés, point de variants, point de génomique des populations. Grâce à son cocktail d'algorithmes très performants à base de structures d'index et de graphes, la bioinformatique nous aide jour après jour à repousser les limites de nos analyses génomiques. Oui, mais bien souvent, la recette du cocktail, la composition de ses ingrédients, les pièges qu'il recèle restent opaques pour le génomicien. Lors de ces deux journées, nous aborderons les différentes étapes qui parsèment le chemin de la sortie du séquenceur (les reads) jusqu'au génomes assemblés et leur variations populationnelles. Nous y aborderons les développements de l'acquisition des données à l'analyse in silico, leurs variations pour des problèmes spécifiques et profiterons d'un retour d'expérience d'utilisateurs experts. Tout ce que vous auriez dû savoir depuis longtemps : une occasion à ne pas rater.