Journées thématiques de l'AFEM

Les journées thématiques de l’AFEM se dérouleront les 23 et 24 juin 2022 en présentiel sur le campus des sciences de l’Université Clermont Auvergne (Aubière). Elles viseront à rassembler la communauté des chercheurs, enseignants-chercheurs, doctorants, ingénieurs, techniciens et étudiants sur le thème suivant : Les microeucaryotes : le chaînon manquant des études en écologie microbienne ? Les microeucaryotes (protistes et champignons) constituent une composante importante du monde microbien. Ainsi, les protistes photosynthétiques représentent une part significative de la production primaire dans les écosystèmes aquatiques et leur versatilité métabolique leur permet de coloniser des milieux très diversifiés (e.g. anoxiques). Ils jouent, entre autres, un rôle prépondérant dans les réseaux trophiques par leur activité phagotrophe et/ou le parasitisme. Or, malgré ce constat, les derniers congrès de l’AFEM montrent que cette composante du monde microbien semble moins étudiée. Nous vous proposons ainsi une journée thématique consacrée aux études sur les microeucaryotes, notamment par des approches de génomique environnementale, qui devrait intéresser un large public tant au niveau conceptuel que méthodologique. Ainsi, la reconstruction des génomes à partir des données de métagénomique ou la détermination de la richesse spécifique via le métabarcoding représente des challenges communs à tous les champs de la microbiologie. Liste provisoire des orateurs invités : Daniel Vaulot (NTU Singapore) La base de données PR2 : séquences de référence de l'ARNr 18S des protistes, amorces et métabarcodes Gisèle Bronner (UCA, Clermont-Ferrand) OTU/ASV : comment décrire la diversité spécifique ? Fabien Burki (Université d’Uppsala) Origine et évolution des plastes dans les microorganismes eucaryotes Isabelle Domaizon (INRAE, Thonon les bains) Paleo-reconstitutions de la diversité micro-eucaryote au service de questions en écologie lacustre : enjeux, avancées récentes, et challenges Tom Delmont (Génoscope, Evry) A la découverte génomique du plancton eucaryote par des approches de binning métagenomique à grande échelle